上海交通大学医学院地处上海市中心繁华地区，前身是上海第二医科大学。原上海第二医科大学由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1997年学校通过了“211工程”正式立项，是国家重点建设的“211工程”大学之一。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，新的上海交大医学院成立，崭新的上海交大医学院由教育部、上海市政府继续重点共建。
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